Magyarország legnagyobb, természeti értékekben gazdag szigete a Duna és a Mosoni-Duna által körülölelt Szigetköz, mely a Duna lerakott hordalékán kialakult kiemelkedő jelentőségű nedves élőhely, ahol egyedülálló geomorfológiai, klimatikus, talajtani és vízháztartási adottságok következtében különösen változatos élőhelyek alakultak ki. A Mosoni-Duna a Duna szigetközi vízrendszerének déli részét lezáró dunai fattyúág. Végigkanyarog a Szigetköz déli oldalán és 125 km megtétele után Véneknél torkollik a Dunába.

A Mosoni-Dunára a mederképző vízhozamokhoz képest túlzott mederméretek miatt a meder egy részének elnádasodása, hínárosodása, helyenként eliszaposodása jellemző, ez a belterületi szakaszokon és a lefűződben lévő mellékágak, vizes élőhelyek, valamint holtmedrek esetén okoz problémát. A torkolati szakaszon a Duna kis- és középvízszintjeinek süllyedése jelent problémát, mivel a Mosoni-Duna medre is beágyazódott a kis- és középvízszintek csökkentek.

A káros hatások visszafordítása csak a folyó és a csatlakozó medrek komplex rehabilitációjával, az ökológiai feltételek javításával, vízpótlásával valósítható meg.

Ennek megvalósítására az Európai Unió által biztosított forrást nyert el Igazgatóságunk: Az Új Magyarország Fejlesztési Terv keretében 291,5 millió forint vissza nem térítendő támogatást kaptunk a projekt előkészítésére. A támogatási szerződés a Nemzeti Fejlesztési Ügynökség képviseletében eljáró KvVM Fejlesztési Igazgatóság és Igazgatóságunk között 2008. augusztus 13-án jött létre.

A komplex rehabilitációs célok elérése érdekében - a korábbi tervek, vizsgálatok figyelembe vételével és igényfeltárásokat követően - a projekt előkészítése 2009. augusztusában megkezdődött s előreláthatóan 2010. év végéig tart. Ennek során előzetes környezeti hatásvizsgálat, részletes megvalósíthatósági tanulmány, régészeti feltárás, egyéb előkészítő munkák és műszaki engedélyezési, terület igénybevételi, valamint tendertervek készülnek. A szükséges engedélyek megszerzése után a második fordulós pályázati dokumentáció is összeállításra kerül.

A tervek alapján a második pályázati fordulóban 2013 év végére megvalósulnak a tervezett létesítmények.

A tervezett beavatkozásokkal lehetővé válik a belterületi szakaszokon az árvízi, hordalék és jéglevezetési feltételek javítása. A mosonmagyaróvári duzzasztó városképi és vízpótlási célú rekonstrukciója, az ökológiai és turisztikai átjárhatóság biztosítása. Partrendezések, burkolat átalakítások és építések történnek a lakosság igényeinek figyelembe vételével. Mosoni-Duna Lajta torkolat és Kimle közötti szakaszán árvízi levezetési viszonyok javítása a cél. A Mosoni-Duna ökológiai rehabilitációja kertében sor kerül a holtágak , lefűződött mellékágak, folyó menti laposok, kubikgödrök, nedves élőhelyek, ívóhelyek és a szigetek mellékágainak rehabilitációjára.

A projekt tartalmazza a Lajta folyó alsó belterületi szakaszának partrendezési feladatait, a Lajta, Mosonmagyaróvári duzzasztó felújítását és a duzzasztó ökológiai átjárhatóságának biztosítását.